Сектор информации и координации


Сотрудники сектора

Абсалямов Сергей Якубович, вед инж.

Василенко Александр Николаевич, вед. инж., vanvkm@gmail.com

Соколов Александр Павлович, с.н.с., к.б.н., sokolov@ibpm.pushchino.ru

Иванова Ираида Васильевна, инженер

Направления деятельности сектора
Информационная и научно-организационная деятельность связана с решением задач по  созданию на базе ВКМ Биологического ресурсного центра мирового уровня. В числе основных задач последних лет – повышение качества и уровня информационного сопровождения штаммов фонда ВКМ, создание и поддержание информационных ресурсов ВКМ и их интеграция с существующими и разрабатываемыми базами данных и сетями Биологических ресурсных центров мира, в их числе StrainInfo, WDCM, MycoBank и др. 
Сотрудники сектора входят в группу разработчиков единой мировой информационной системы Биологических ресурсных центров и являются ключевыми исполнителями 2-х проектов 8-й Рамочной программы ЕС  по данной тематике.


Важными направлениями деятельности сектора являются также подготовка и публикация научно-аналитических обзоров, выступления с докладами и обсуждения на релевантных площадках (научных конференциях, специальных заседаниях круглых столов, комиссий и комитетов Общественной палаты РФ, Думы РФ, в СМИ) проблем, касающихся состояния биологических коллекций в стране, совершенствования законодательной базы РФ по вопросам прав собственности на национальные генетические ресурсы и прав их управления.  
Цель обсуждений и предложений – инициация деятельности по созданию в России Биологических ресурсных центров мирового уровня, достижение ясности в вопросах взаимоотношений ведомств и организаций, причастных к сохранению генетических ресурсов РФ и регулированию их оборота (делегирование/переуступка прав собственности, владения, пользования, распоряжения и т.д.).

Основные публикации
Калакуцкий Л.В. Доступ к генетическим ресурсам. Вестник Российской Академии наук. 2001, 71 (5): 396-404. 
Калакуцкий Л.В. Коллекции культур: от неустойчивого существования к устойчивому развитию. Cтр. 113-118.  Сб. «Вопросы правового обеспечения научно-технической и инновационной деятельности». Информационно-аналитический сборник по материалам выездного расширенного заседания и «круглого стола» ГД. М.: Издание Государственной Думы, 2011. 
Калакуцкий Л.В. Коллекции микробов. Cтр. 39-47.  Сб. «Сохранение биологического разнообразия России - основа устойчивого развития науки и наукоемких производств". Материалы докладов на Слушаниях Общественной палаты РФ. М.: ГНУ ВСТИСП Россельхозакадемии, 2011. 
Калакуцкий Л.В., Озерская С.М., Евтушенко Л.И., Мазанов А.Л. Российские коллекции Микроорганизмов. Прикладная биохимия и микробиология. 1996, 32(1): 144-154. 
Калакуцкий Л.В., Озерская С.М. Биологические ресурсные центры: современное состояние в России и мире, проблемы организации, перспективы развития. Вестник биотехнологии и физико-химической биологии им. Ю.А.Овчинникова. 2011, 7 (1): 28-40. 
Ozerskaya S.M., Kirillova N.P., Vasilenko A.N. FungalDC: a database on fungal diversity in genetic resource collections. IMA Fungus. 2012, 3(1):  9. 
Vasilenko A., Ozerskaya S., Stupar O. Current WFCC CC catalogues as a starting ground for networking Efforts. WFCC Newsletter. 2011, 50: 5-15. 
Vasilenko A.N., Ozerskaya S.M. Fungal taxonomic diversity and bioinformatics-related issues, рр. 633-634. Proceedings of the 6th Int. Conf. on Bioinformatics and Biomedical Engineering (iCBBE 2012). 2012, N-Y: IEEE Service Center.
Vasilenko A.N., Ozerskaya S.M. Package for сluster analysis on an IBM PC Computer. BINARY. 1992, 4: 64-65. 
Vasilenko A.N., Ozerskaya S.M. Quick algorithms of cluster analysis in BIOMATRIX 3.0. BINARY. 1994, 6: 141-144.

Wu L., Sun Q., Desmeth Ph., Sugawara H., Xu Z., McCluskey K., Smith D., Vasilenko A., Lima N., Ohkuma M., Robert V., Zhou Y., Li J., Fan G., Ingsriswang S., Ozerskaya S., Ma J.
WDCM: an information infrastructure for the exploration and utilization of microbial strains preserved worldwide Nucleic Acids Research, 2017, 45(D1): D611-D618, https://doi.org/10.1093/nar/gkw903

Casaregola S., Vasilenko A., Romano P., Robert V., Ozerskaya S., Kopf A., Glöckner F.O., Smith D.
An information system for European culture collections: the way forwardSpringerPlus, 2016, 5: 772-783

Свидетельства о Государственной регистрации программ и баз данных
Василенко А.Н., Озерская С.М., Ступарь О.С., Кочкина Г. А., Иванушкина Н.Е., Карпышева Н.Н., Кириллова Н.П., Растегаева Т.Ф. Программа: Программный комплекс генерации таблиц Каталога мицелиальных грибов ВКМ и страниц поисковой системы на сайте ВКМ ИБФМ РАН. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2011613007 (14.04.2011).
Василенко А.Н.  Озерская С.М., Кочкина Г. А. и др.  Программный комплекс генерации таблиц по срокам сохранения жизнеспособности мицелиальных грибов ВКМ и страниц поисковой системы на сайте ВКМ ИБФМ РАН. Свидетельство о госрегистрации программы для ЭВМ № 2012619049 (05.10.2012).
Озерская С.М., Иванушкина Н.Е., Василенко А.Н. и др. База данных: Методы и максимальные сроки сохранения жизнеспособности мицелиальных грибов Всероссийской коллекции микроорганизмов ИБФМ РАН. Свидетельство о государственной регистрации базы данных №20120621040 (05.10.2012).

Участие в выполнении в выполнении проектов

ФЦНТП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития науки и техники на 2002-2006 годы»
Научно-методическое,  организационное и материально-техническое обеспечение функционирования уникального стенда «Всероссийская коллекция микроорганизмов (ВКМ)» для проведения научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ по приоритетным направлениям программы, 2006 (направление «Развитие инфраструктуры»). Госконтракт № 02.452.11.7019). 
Таксономическое изучение микроорганизмов с использованием современных методов и подходов на установке «Всероссийская коллекция микроорганизмов» (ВКМ), 2005 (направление «Развитие инфраструктуры»). Госконтракт №02.452.12.7112.    
Научно-образовательная деятельность Всероссийской коллекции микроорганизмов как базы профессиональной подготовки микробиологов Пущинского госуниверситета, 2005-2006. (Направл. «Развитие инфраструктуры научно-технической и инновационной деятельности высшей школы и ее кадрового потенциала», 2005 г.) 
Формирование Всероссийской коллекции микроорганизмов (ВКМ). Создание и поддержание в нарастающем объеме фонда культур ВКМ, обеспечение заинтересованных учреждений аутентичными культурами актиномицетов, бактерий, мицелиальных грибов и дрожжей и информацией о них, 2004. № Госрегистрации 0120.0.403403, 2004 г.)

ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы»

Исследования и мероприятия, направленные на повышение качества фонда и услуг Всероссийской коллекции микроорганизмов (ВКМ) в интересах пользователей, 2007-2008,  Госконтракт № 02.518.11.7092.

Проведение исследований с целью обеспечения гарантированного сохранения генетического разнообразия микроорганизмов с использованием научно-технической базы УСУ “Всероссийская коллекция микроорганизмов”, включающей азотное криогенное хранилище», 2011-2012, Госконтракт № 16.518.11.7035.

Таксономические исследования, развитие информационных ресурсов и научно-организационные мероприятия, направленные на повышение качества фонда и услуг Всероссийской коллекции микроорганизмов в интересах пользователей, 2012-2013. Госконтракт № 14.518.11.7069

7-я Рамочная Программа научных исследований Евросоюза

Создание банков данных по ризосферным микроорганизмам (Banking Rhizosphere Micro-Organisms – BRIO), 2011-2014. (https://bccm.belspo.be/newsletter/01/pern-more-than-just-another-website)

Целями этого проекта были:

- организовать взаимодействие специализированных коллекций, содержащих микробы, изолированные из ризосферы,

- создать общий широкий пул микробиоразнообразия, пригодный для использования в исследованиях и промышленности:

В рамках проекта BRIO была создана Общеевропейская сеть ресурсов ризосферы PERN. В ее создании участвовали в , бельгийские, швейцарские, итальянские и российские коллекции микроорганизмов. Сотрудничество между коллекциями культур, содержащими материал из западноевропейских экосистем, и Российскими центрами биологических ресурсов, содержащими микроорганизмы из восточноевропейских биотопов, создало скоординированную сеть, объединяющую человеческий опыт и коллекции культур. Сеть предлагает ученым облегченный доступ к широкому кругу микроорганизмов, происходящих из спектра экологических зон, разбросанных по значительному географическому ареалу, для изучения и использования.

Инфраструктура исследований микробных ресурсов (Microbial Resource Research Infrastructure – MIRRI), 2012-2015.

Инфраструктура исследования микробных ресурсов (MIRRI) - это европейский исследовательский инфраструктурный проект, который будет предлагать микробные ресурсы высочайшего качества для научной поддержки: высококачественные микроорганизмы, связанные данные и широкий опыт исследований и разработок в области биотехнологии. Он основан, чтобы служить развитию бионауки и биоиндустрии; продвигать биоразнообразие.

8-я рамочная программа Европейского Союза по развитию научных исследований и технологий Horizon 2020

IS_MIRRI21 (Реализация и устойчивость исследовательской инфраструктуры микробных ресурсов в 21 веке)

Проект IS_MIRRI21, финансируемый ЕС, направлен на тесное взаимодействие с академическими кругами, правительственными лабораториями и частным сектором, предлагая им доступ к его портфелю центров микробных биологических ресурсов, услуг и образования. Будет создан портал с единой точкой входа для продвижения предлагаемых услуг и сотрудничества, что поспособствует обеспечению долгосрочной устойчивости. В результате MIRRI вскоре будет учрежден как Европейский консорциум исследовательской инфраструктуры (ERIC).

EOSC-Life: (совместное цифровое пространство для наук о жизни в европейском облаке открытой науки)

Цель проекта EOSC-Life - убедиться, что ученые-биологи могут находить, получать доступ и интегрировать данные о биологии для анализа и повторного использования в академических и промышленных исследованиях.



142290 Московская область, г.Пущино, пр-т Науки, д.5, Тел.: +7(4967)733962,  adm@ibpm.ru, www.ibpm.ru

Разработка сайта - Alces