Сектор бактерий

 

Руководитель к.б.н. Кудряшова Екатерина Борисовна (katryn@ibpm.pushchino.ru)


Работает в ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН в отделе ВКМ с 1989 г. после окончания аспирантуры при Всесоюзном научно-исследовательском институте экспериментальной ветеринарии им. Я.Р. Коваленко, г. Москва. Диссертационная работа посвящена изучению возбудителей актиномикоза животных. В 1984г. окончила Троицкий ветеринарный институт (ФГБОУ Уральская государственная академия ветеринарной медицины). Автор более 30 публикаций и двух патентов. Научные исследования связаны с изучением биологического разнообразия и таксономии аэробных эндоспоробразующих бактерий, в т.ч., выделенных из экстремальных мест обитаний.

 

 

 

 

 

 

Сотрудники сектора

Арискина Елена Викторовна, с.н.с., к.б.н. (lena@ibpm.pushchino.ru),

Дряглева Наталья Сергеевна, ст.лаб.

Кудряшова Екатерина Борисовна, ст.н.с., к.б.н.

  • Таксономическая ревизия фонда бактерий ВКМ, включающего массивы штаммов, выделенных российскими (советскими) микробиологами в ходе различных экспедиций и помещенных в ВКМ в 60-70-х гг. прошлого столетия.
  • Исследование таксономического разнообразия бактерий, обитающих в различных слабоизученных наземных и водных экосистемах, с использованием микробиологических и молекулярно-биологических методов; выявление и описание новых таксонов.

Наиболее значимые результаты

Создана уникальная коллекция культур, выделенных из соленых и/или щелочных местообитаний Западной Сибири. На основании полногеномного анализа одного из изолятов - штамма Alg18-2.2 -предложено описание нового рода сем. Lysobacteraceae.

Для ряда штаммов из различных мест обитания проведен анализ геномов, определены таксогеномные показатели (ДНК-ДНК гибридизация in silico,  ANI, AAI, POCP и др.).

Валидно описаны новые виды разных групп бактерий (Cohnella kolymensis, Belliella buryatensiAlkaliphilus namsaraeviiAnoxynatronum buryatiense) и новый· род актинобактерий (Natronoglycomyces).

Показана возможность инкапсулирования бактериофагов и бацилярных спор в полиэлектролитные микроконтейнеры, с последующим разрушением оболочки нанокапсул прорастающими спорами бацилл. Показано влияние полианионов и поликатионов на жизнеспособность колипротейных бактериофагов. Предложено использование полиэлектролитных микрокапсул в качестве защитного средства для бактериофагов.

СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ

2011-2021

1. Karlyshev A.V., Kudryashova E.B., Ariskina E.V., Conroy A.P., Abidueva E.Y. Draft Genome Sequence of Coralloluteibacterium stylophorae LMG 29479T // Microbiology Resource Announcements. - 2021 (8 July). - DOI: /10.1128/MRA.00421-21.

2. Потехина Н. В., Шашков А.С., Тульская Е.М., Арискина Е.В., Дорофеева Л.В., Евтушенко Л.И. Галактофуран клетоной стенки актинобактерий рода Paenarthrobacter
Микробиология - 2021. - Т. 90, № 1. - С. 122–128. - DOI: 10.31857/S0026365620060154

3. Musin E.V., Kim A.L., Dubrovski A.V., Kudryashova E.B., Ariskina E.V., Tikhonenko S.A.
The influence of polyanions and polycations on bacteriophage activity
Polymers. - 2021. - Vol. 13, No.6. - P. 914. - DOI: 10.3390/polym13060914

4. Sorokin D.Y, Khijniak T.V, Zaharycheva A.P, Elcheninov A.G, Hahnke R.L, Boueva O.V, Ariskina E.V, Bunk B, Kublanov I.V, Evtushenko L.I.
Natronoglycomyces albus gen. nov., sp. nov, a haloalkaliphilic actinobacterium from a soda solonchak soil
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology - 2021. - Vol. 71, No.5. - P. 004804. - DOI: 10.1099/ijsem.0.004804

5. Musin E.V., Kim A.L., Dubrovski A.V., Kudryashova E.B., Tikhonenko S.A.
Decapsulation of dextran by destruction of polyelectrolyte microcapsule nanoscale shell by Bacillus subtilis bacteria
Nanomaterials. - 2020. - Vol. 10, N 1. - P. 12. - DOI: 10.3390/nano10010012

6. Plotnikova E.G., Anan’ina L.N., Ariskina E.V., Evtushenko L.I.
Salinicola Anan’ina et al. 2007, VL124 emend. Fidalgo et al. 2019.
In: Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (eds M.E. Trujillo, S. Dedysh, P. DeVos, B. Hedlund, P. Kämpfer, F.A. Rainey and W.B. Whitman). - 2020. - P. 1-29. - DOI: 10.1002/9781118960608.gbm01719

7. Karlyshev A.V., Kudryashova E.B., Ariskina E.V., Abidueva E.Y., Lavrentyeva E.V., Barkhutova D.D.
Whole-genome sequencing of Xanthomonadaceae strain alg18-2.2, isolated from the saline lake Gudzhirganskoe in the Republic of Buryatia, Russia
Microbiology resource announcements. - 2019 - V. 8, No 46. - e01112-19. - DOI: 10.1128/MRA.01112-19

8. Kudryashova E.B., Karlyshev A.V. , Ariskina E.V., Streshinskaya G.M., Vinokurova N.G., Kopitsyn D.S., Evtushenko L.I.
Cohnella kolymensis sp. nov., a novel bacillus isolated from Siberian permafrost
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2018 - DOI 10.1099/ijsem.0.002919.

9. Evtushenko L.I., Ariskina E.V., Prisyazhnaya N.V., Starodumova I.P.
Agromyces Gledhill and Casida 1969, 346AL emend. Zgurskaya, Evtushenko, Akimov, Voyevoda, Dobrovolskaya, Lysak and Kalakoutskii 1992 638VP
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (Ed: Whitman W.B.), 2017, 1–49 (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00093.pub2)

10. Ryzhmanova Ya., Oshurkova V., Troshina O., Abashina T., Ariskina E., Avtukh A., Shcherbakova V.
Anoxynatronum buryatiense sp. nov., an anaerobic alkaliphilic bacterium from a low mineralization soda lake in Buryatia, Russia
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67: 4704-4709 http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.002365

11. Starodumova I.P., Tarlachkov S.V., Prisyazhnaya N.V., Dorofeeva L.V., Ariskina E.V., Chizhov V.N, Subbotin S.A., Evtushenko L.I., Vasilenko O.V.
Draft genome sequence of Rathayibacter sp. strain VKM Ac-2630 isolated from leaf gall induced by the knapweed nematode Mesoanguina picridis on Acroptilon repens
Genome Announcement, 2017, 5(3): e00650-17

12. Vasilenko O.V., Tarlachkov S.V., Starodumova I.P., Ariskina E.V., Ariskina K.I., Avtukh A.N., Lysak L.V., Telkov M.V., Evtushenko L.I.
Draft genome sequence of Modestobacter sp. strain VKM Ac-2676 from soil in the area of sharply continental climate
bioRxiv 179697, 2017, doi: https://doi.org/10.1101/179697

13. Zakharyuk A., Kozyreva L., Ariskina E., Troshina O., Kopitsyn D., Shcherbakova V.
Alkaliphilus namsaraevii sp. nov., an alkaliphilic iron- and sulfur-reducing bacterium isolated from a steppe soda lake
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67, 1990-1995, DOI 10.1099/ijsem.0.001904.

14. Karlyshev A.V., Kudryashova E.B., Ariskina E.V.
Draft genome sequence of "Cohnella kolymensis" B-2846
Genome Announcements, 2016, 4(1): e01587-15

15. Kozyreva L., Egorova D., Anan’ina L., Plotnikova E., Ariskina E., Prisyazhnaya N., Radnaeva L., Namsaraev B.
Belliella buryatensis sp. nov., isolated from alkaline lake water
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66(1): 137-143

16. Кудряшова Е.Б., Арискина Е.В., Присяжная Н.В.
Филогенетический анализ штамма ВКМ В-762, содержащего уникальную тейхоевую кислоту в клеточной стенке
Российский иммунологический журнал, 2015, 9(18), 2(1): 593-595

17. Стародумова И.П., Присяжная Н.В., Арискина К.И., Дорофеева Л.В., Автух А.Н.
Видовое разнообразие актинобактерий из экосистем с дефицитом влаги
Российский иммунологический журнал, 2015, 9(18), 2(1): 611-613

18. Troshina O., Oshurkova V., Suzina N., Machulin A., Ariskina E., Vinokurova N., Kopitsyn D., Novikov A., Shcherbakova V.
Sphaerochaeta associata sp. nov., a spherical spirochaete isolated from cultures of Methanosarcina mazei JL01
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65: 4315-4322, DOI: 10.1099/ijsem.0.000575

19. Akimov V.N., Evtushenko L.I. Agromyces. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00093)

20. Evtushenko L.I., Ariskina E.V. Nocardioidaceae. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015.(Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.fbm00042)

21. Мулюкин А.Л., Демкина Е.В., Манучарова Н.А., Акимов В.Н., Андерсен Д., МакКэй К., Гальченко В.Ф.
Прокариотное сообщество подледниковых грунтов антарктического озера Унтерзее: выявление культуральными и прямыми микроскопическими методами
Микробиология, 2014, 83(2): 215-224

22. Акимов В.Н., Подосокорская О.А., Шляпников М.Г., Гальченко В.Ф.
Доминантные филотипы в клоновых библиотеках генов 16S рРНК из бактериальных матов гидротермальных источников кальдеры вулкана Узон, Камчатка
Микробиология, 2013, 82(6): 707-714

23. Кудряшова Е.Б., Черноусова Е.Ю., Сузина Н.Е., Арискина Е.В., Гиличинский Д.А.
Микробное разнообразие образцов позднеплейстоценовых многолетнемерзлых пород Сибири
Микробиология, 2013, 82(3): 351-361

24. Потехина Н.В., Шашков А.С., Стрешинская Г.М., Тульская Е.М., Козлова Ю.И., Сенченкова С.Н., Кудряшова Е.Б., Евтушенко Л.И.
Тейхоевые кислоты трех типовых штаммов группы “Bacillus subtilis” – Bacillus mojavensis ВКМ-2650, Bacillus amyloliquefaciens subsp. amyloliquefaciens ВКМ В-2582 и Bacillus sonorensis ВКМ В-2652
Микробиология, 2013, 82(5): 571-578

25. Потехина Н.В., Шашков А.С., Стрешинская Г.М., Тульская Е.М., Козлова Ю.И., Сенченкова С.Н., Кудряшова Е.Б., Дмитренок А.С.
Дисахарид-1-фосфатные полимеры некоторых представителей группы “Bacillus subtilis
Биохимия, 2013, 78(10): 1463-1472

26. Филиппова С.Н., Сургучева Н.А., Куликов E.E., Сорокин В.В., Акимов В.Н., Бейдж А.K., Маккей С., Андерсон Д., Гальченко В.Ф.
Обнаружение фагов в популяции бактерий озера Унтерзее (Антарктида)
Микробиология, 2013, 82: 366-369

27. Фишман К.С., Акимов В.Н., Сузина Н.Е., Вайнштейн М.Б., Лианг К. (X. Liang)
Сульфатвосстанавливающая бактерия Desulfobulbus sp. штамм BH из пресноводного озера в провинции Гуйчжоу, Китай
Биология внутренних вод, 2013, 1: 18-23

28. Ryzhmanova Y., Nepomnyashchaya Y., Abashina T., Ariskina E., Troshina O., Vainshtein M., Shcherbakova V.
New sulfate-reducing bacteria isolated from Buryatian alkaline brackish lakes: description of Desulfonatronum buryatense sp. nov.
Extremophiles, 2013, 17(5): 851-859

29. Карпов Г.А., Николаева А.Г., Акимов В.Н., Гальченко В.Ф.
Эволюция режима и физико-химических характеристик растворов новообразованного гейзера в кальдере Узон (Камчатка)
Вулканология и сейсмология, 2012, 3: 3-13.

30. Стрешинская Г.М., Шашков А.С., Козлова Ю.И., Тульская Е.М., Кудряшова Е.Б., Сенченкова С.Н., Арискина Е.В., Евтушенко Л.И., Потехина Н.В.
Тейхоевые кислоты клеточных стенок Bacillus licheniformis VKM B-511ТBacillus pumilus VKM B-508Т и других штаммов, отнесенных ранее к Bacillus pumilus
Микробиология, 2012, 81(4): 464–473

31. Akimov V.N., Evtushenko L.I.
Genus Agromyces
In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 5: The Actinobacteria, pp.862-876 (Eds: M. Goodfellow, P. Kampfer, H.-J. Busse, M.E. Trujillo, K.-i. Suzuki, W.Ludwig and W.B. Whitman), Springer, NY, 2012

32. Evtushenko L.I., Ariskina E.V.
Family Nocardioidaceae
In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 5: The Actinobacteria, pp.1189-1197 (Eds: M. Goodfellow, P. Kampfer, H.-J. Busse, M.E. Trujillo, K.-i. Suzuki, W.Ludwig and W.B. Whitman), Springer, NY, 2012

33. Pecheritsyna S.A., Rivkina E.M., Akimov V.N., Shcherbakova V.A.
Desulfovibrio arcticus sp. nov., a psychrotolerant sulfate-reducing bacterium from a cryopeg
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62: 33–37

34. Автух А.Н., Винокурова Н.Г., Арискина Е.В., Дорофеева Л.В., Барышникова Л.М.
Состав полярных липидов как хемотаксономический маркер видов рода Kribbella
Вестник Уральской медицинской академической науки, 2011, 4(1): 71

35. Арискина Е.В., Черноусова Е.Ю., Лаптева Н.А., Акимов В.Н.
Оценка таксономического разнообразия простековых бактерий родов Brevundimonas и Caulobacter, выделенных из различных экосистем Евразии с использованием анализа генов 16S рРНК
Микробиология, 2011, 80(3): 396-402.

36. Зайчикова М.В., Берестовская Ю.Ю., Акимов В.Н., Кострикина Н.А., Васильева Л.В.
Singulisphaera mucilagenosa sp. nov. - новый ацидотолерантный представитель порядка Planctomycetales
Микробиология, 2011, 80(1): 105-111

37. Стародумова И.П., Присяжная Н.В., Арискина Е.В.
Оценка видового разнообразия штаммов Brevundimonas методом ARDRA в сочетании с MALDI-TOF масс- спектрометрией
Вестник Уральской медицинской академической науки, 2011, 4(1): 87-88

38. Стрешинская Г.М., Шашков А. С., Потехина Н. В., Козлова Ю. И., Тульская Е. М., Сенченкова С. Н., Кудряшова Е. Б., Ананьина Л. Н.
Углеводсодержащие полимеры клеточных стенок некоторых штаммов группы Bacillus subtilis
Микробиология, 2011, 80(1): 24-32

39. Сузина Н.Е., Дуда В.И., Есикова Т.З., Шорохова А.П., Гафаров А.Б., Олейников Р.Р., Акимов В.Н., Абашина Т.Н., Поливцева В.Н., Боронин А.М.
Новые ультрамикробактерии из рода Chryseobacterium, штаммы NF4 и NF5 - факультативные эпибионты Bacillus subtilis
Микробиология, 80(4): 529-542

40. Цыренова Д.Д., Брянская А.В., Намсараев З.Б., Акимов В. Н.
Таксономическая и экологическая характеристика цианобактерий некоторых солоноватых и соленых озер Южного Забайкалья
Микробиология, 2011, 80(2): 230-240

41. Gridneva E., Chernousova E., Dubinina G., Akimov V., Kuever J., Detkova E., Grabovich M.
Taxonomic investigation of representatives of the genus Sphaerotilus: descriptions of Sphaerotilus montanus sp. nov., Sphaerotilus hippei sp. nov., Sphaerotilus natans subsp. natans subsp. nov. and Sphaerotilus natans subsp. sulfidivorans subsp. nov., and an emended description of the genus Sphaerotilus
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2011, 61: 916-925

42. Plotnikova E.G., Anan'ina L.N., Krauzova V.I. Ariskina E.V., Prisyazhnaya N.V., Lebedev A.T., Demakov V.A., Evtushenko L.I.
Thalassospira permensis sp. nov., a novel halotolerant bacterium isolated from a naphthalene-utilizing consortium
Микробиология, 2011, 80(5): 691–699

43. Shashkov A.S., Streshinskaya G.M., Kozlova Yu.I., Senchenkova S.N., Arbatsky N.P., Kudryashova E.B.
A novel type of teichoic acid from the cell wall of
Bacillus subtilis VKM B-762
Carbohydrate Research, 2011, 346 (9): 1173-1177



142290 Московская область, г.Пущино, пр-т Науки, д.5, Тел.: +7(4967)733962,  adm@ibpm.ru, www.ibpm.ru

Разработка сайта - Alces