Рук. Евтушенко Л.И., д.б.н., evtushenko@ibpm.pushchino.ru

Сотрудники сектора

Автух Александр Николаевич, с.н.с.,  к.б.н.

Буева Ольга Вячеславовна,  н.с.

Демидов Александр Владимирович,  инж.

Дорофеева Любовь Владимировна,  с.н.с.,  к.б.н.

Евтушенко Людмила Ивановна,  гл.н.с.,  д.б.н.

Иванова Ираида Васильевна,  инж.

Лабунская Татьяна Валерьевна,   ст.лаб.

Оспенников Юрий Владимирович,  инж.

Тарлачков Сергей Владимирович,  н.с.

Травкина Лидия Савельевна,  ст.лаб.

Основные направления научных исследований
Научные исследования связаны с изучением таксономического разнообразия актиномицетов и близких организмов и оценкой их биотехнологического потенциала. В фокусе внимания – поиск и описание новых таксонов  актинобактерий, вопросы разграничения филогенетически близких видов на уровне фенотипа и выявление новых хемотаксономических маркеров видов, в т.ч., полимеры клеточной стенки и их компоненты, МАЛДИ масс-спектры.

Наиболее значимые результаты
Обнаружение и описание 7 новых родов и более 30 новых видов бактерий, в т.ч., ассоциированных с растениями и фитопатогенными нематодами, а также более трех десятков новых структур анионных гликополимеров клеточных стенок актинобактерий. Опубликование в составе наиболее авторитетных международных изданий по микробиологии («The Prokaryotes», «Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology») более 15 глав,  содержащих обзор современного состояния области исследований различных групп актинобактерий.

Основные публикации, отражающие направления исследований

Evtushenko L.I., Dorofeeva L.V., Dobrovolskaya T.G., Streshinskaya G.M., Subbotin S.A., Tiedje J.M. Agreia bicolorata gen. nov., sp. nov., to accommodate actinobacteria isolated from narrow reed grass infected by the nematode Heteroanguina graminophila. Int. J. Syst. Evol. Microbiol.2001, 51: 2073–2079.

Evtushenko L.I., Dorofeeva L.V., Krausova V.I., Gavrish E.Y., Yashina S.G., Takeuchi M. Okibacterium fritillariae gen. nov., sp. nov., a novel genus of the family Microbacteriaceae. Int. J. Syst. Evol. Microbiol.2002, 52: 987–993.

DorofeevaL. V., EvtushenkoL. I., KrausovaV. I., KarpovA. V., Subbotin, S. A.,   Tiedje, J. M. Rathayibactercaricis sp. nov. and Rathayibacterfestucae sp. nov., isolated from the phyllosphere of Carex sp. and the leaf gall induced by the nematode Anguinagraminis on Festucarubra L., respectively. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2002, 52: 1917–1923.

Evtushenko L.I., Krausova V.I. 2012. Genus Kribbella, рр. 1264-1280. In: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 5. Springer, NY, 2012.

Hamada M., Komukai C., Tamura N., Evtushenko L.I., Vinokurova N.G., Suzuki K.-i. Herbiconiux flava sp. nov., and emended description of the genus Herbiconiux. Int. J. Syst. Evol. Microbiol 2012, 62: 795-799.

Kroppenstedt R., Evtushenko L. The Family Nocardiopsaceae, pp. 754-795. In: The Prokaryotes. A Handbook on the Biology of Bacteria, V.3. (Eds: M. Dworkin, S. Falkow, E. Rosenberg, K.-H. Schleifer, E.  Stackebrandt), Springer, NY, 2006.

Schumann P., Kampfer P., Busse H-J., Evtushenko L.I. Proposed minimal standards for describing new genera and species of the suborder Micrococcineae. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2009, 59: 1823-1849.

Akimov V.N., Evtushenko L.I. Agromyces. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00093)

Evtushenko L.I. Actinopolymorpha. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00155)

Evtushenko L.I. Agreia. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman).(http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00091)

Evtushenko L.I., Ariskina E.V. Nocardioidaceae. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015.(Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.fbm00042)

Evtushenko L.I., Dorofeeva L.V. Rathayibacter. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00112)

Evtushenko L.I., Krausova V.I. Aeromicrobium. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00156)

Evtushenko L.I., Krausova V.I., Yoon J.-H. Nocardioides. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00159)

Evtushenko L.I. Leifsonia. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00102)

Evtushenko L.I. Marmoricola. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman).(http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00158)

Evtushenko L.I. Microbacteriaceae. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.fbm00035)

Evtushenko L.I. Micropruina. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015.(Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00166)

Evtushenko L.I. Okibacterium. Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 2015. (Ed: W.B. Whitman). (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00108)

Vasilenko O.V., Starodumova I.P., Tarlachkov S.V., Dorofeeva L.V., Avtukh A.N., Evtushenko L. I.Draft genome sequence of “Rathayibacter tanaceti” strain VKM Ac-2596 isolated from Tanacetum vulgare infested by a foliar nematode. Genome Announcements, 2016, 4(3): e00512-16 

Evtushenko L.I., Ariskina E.V., Prisyazhnaya N.V., Starodumova I.P. Agromyces
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (Ed: Whitman W.B.), 2017, 1–49 (http://dx.doi.org/10.1002/9781118960608.gbm00093.pub2)

Dorofeeva L.V., Starodumova I.P., Krauzova V.I., Prisyazhnaya N.V., Vinokurova N.G., Lysanskaya V.Y., Tarlachkov S.V., Evtushenko L.I. Rathayibacter oskolensis sp. nov., a novel actinobacterium from Androsace koso-poljanskii Ovcz. (Primulaceae) endemic to the Central Russian Upland. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. - 2018 - DOI 10.1099/ijsem.0.002681. 

Vasilenko O.V., Starodumova I.P., Dorofeeva L.V., Tarlachkov S.V., Prisyazhnaya N.V., Chizhov V.N., Subbotin S.A., Huntemann M., Clum A., Duffy K., Pillay M., Palaniappan K., Varghese N., Chen I.-M., Stamatis D., Reddy T.B.K., O’Malley R., Daum C., Shapiro N., Ivanova N., Kyrpides N.C., Woyke T., Whitman W.B., Evtushenko L.I. Draft genome sequences of new isolates and known species of the family Microbacteriaceae associated with plants
Microbiology Resource Announcement. - 2018. - Volume 7, N 11. - e01051-1. - DOI: 10.1128/MRA.01051-18.  

Wu L., McCluskey K., Desmeth Ph., Liu Sh., Hideaki S., Yin Y., Moriya O., Itoh T., Kim Ch.Y., Lee Ju-S., Zhou Yu., Kawasaki H., Hazbón M.H., Robert V., Boekhout T., Lima N., Evtushenko L., Boundy-Mills K., Bunk B., Moore E.R.B., Eurwilaichitr L., Ingsriswang S., Shah H., Yao S., Jin T., Huang J., Shi W., Sun Q., Fan G., Li W., Li., Kurtböke I., Ma J. The Global Catalogue of Microorganisms 10K type strain sequencing project: closing the genomic gaps for the validly published prokaryotic and fungi species. GigaScience. - 2018 - Vol. 7, N 5 - giy026. - DOI 10.1093/gigascience/giy026. 

Boortseva S., Byrsa M., Boueva O., Starodumova I., Evtushenko L., Iutcu-Straistaru E.
Antimicrobal and plant growth promoting properties of Streptomyces strains isolated from soils in republic of Moldova. Analele Universitatii din Oradea, Fascicula Biologie. - 2019. - V. 26, No 2. - P. 73-78.

Dmitrenok A.S., Shashkov A.S., Streshinskaya G.M., Tul'skaya E.M., Potekhina N.V., Senchenkova S.N., Dorofeeva L.V., Evtushenko L.I.New glycopolymers containing both D- and L-rhamnopyranoses from Rathayibacter iranicus VKM Ac-1602T cell wall. Carbohydrate Research. - 2019. - V.82. - 107728. - DOI: 10.1016/j.carres.2019.06.007.

Poshekhontseva V.Y., Bragin E.Y., Fokina V.V., Shtratnikova V.Y., Starodumova I.P., Tarlachkov S.V., Donova M.V.Draft genome sequence of FK506-producing Streptomyces tsukubensis strain VKM Ac-2618D. Microbiology Resource Announcements. - 2019. - V. 8, No 24. - e00510-19 - DOI: 10.1128/MRA.00510-19.

Tarlachkov S.V., Shevchuk T.V. Montero-Calasanz M.del C., Starodumova I.P. Diversity of rhodopsins in cultivated bacteria of the family Geodermatophilaceae associated with non-aquatic environments. Bioinformatics. - 2019. - btz840. - DOI: 10.1093/bioinformatics/btz840.

Пиголева С.В., Захарченко Н.С., Фурс О.В., Тарлачков С.В., Фунтикова Т.В., Филонов А.Е., Ариповский А.В., Дьяченко О.В., Бурьянов Я.И., Шевчук Т.В. Влияние ассоциативных микроорганизмов на рост и устойчивость растений к ксенобиотикам и фитопатогенам. Прикладная биохимия и микробиология. - 2020. - Т: 56, № 4. - С. 390-400. - DOI: 10.31857/S0555109920040133.

Свиридов А.В., Шушкова Т.В., Эпиктетов Д.О., Тарлачков С.В., Ермакова И.Т., Леонтьевский А.А. Биодеградация фосфорорганических загрязнителей почвенными бактериями: биохимические аспекты и нерешенные проблемы. Биотехнология. - 2020. - Т. 36, № 4. - С. 126-135. - DOI: 10.21519/0234-2758-2020-36-4-126-135.

Шашков А.С., Тульская Е.М., Дорофеева Л.В., Евтушенко Л.И., Потехина Н.В. Два гликозил-1-фосфатных полимера и тейхулозоновая кислота из клеточной стенки Glutamicibacter protophormiae ВКМ Ac-2104^T. Биохимия. - 2020. - Т. 85, № 5. - С. 736-742. - DOI: 10.31857/S0320972520050127.

Шашков А.С., Тульская Е.М., Стрешинская Г.М., Дмитренок А.С., Потехтна Н.В., Сенченкова С.Н., Пискунова Н.Ф., Дорофеева Л.В., Евтушенко Л.И. Рамноманнаны и тейхуроновая кислота из клеточной стенки Rathayibacter tritici ВКМ Ac-1603^T. Биохимия. - 2020 - Т. 85, № 3. - С. 428-437. - DOI: 10.31857/S0320972520030124.

Lobastova T.G. Fokina V.V., Bragin Eu.Y., Shtratnikova V.Y., Starodumova I.P., Tarlachkov S.V. Donova M.V. Draft genome sequence of the moderately thermophilic actinobacterial steroid-transforming Saccharopolyspora hirsuta subsp. hirsuta strain VKM Ac-666^T.
Microbiology resource announcements. - 2020 - Vol. 9, N. 1 - e01327-19 - DOI: 10.1128/MRA.01327-19.

Shi W., Sun Q., Fan G., Hideak S., Moriya O., Itoh T., Zhou Yu., Cai M., Kim S.-G., Lee Ju.-S., Sedlacek I., Arahal D.R., Lucena T., Kawasaki H., Evtushenko L., Weir B.S., Alexander S., Denes D., Tanasupawat S., Eurwilaichitr L., Ingsriswang S., Gomez-Gil B., Hazbon M. H., Riojas M.A., Suwannachart Ch., Yao S., Vandamme P., Peng F., Chen Z., Liu D., Sun X., Zhang X., Zhou Yu., Meng Zh., Wu L., Ma Ju. gcType: a high-quality type strain genome database for microbial phylogenetic and functional research. Nucleic Acids Research - 2020. - DOI: 10.1093/nar/gkaa957.

Tarlachkov S.V., Shevchuk T.V. Montero-Calasanz M.del C., Starodumova I.P. Diversity of rhodopsins in cultivated bacteria of the family Geodermatophilaceae associated with non-aquatic environments. Bioinformatics. - 2020. - Vol. 36, N 6. - P. 1668–1672. - DOI: 10.1093/bioinformatics/btz840.

Tarlachkov S.V., Starodumova I.P., Dorofeeva L.V., Prisyazhnaya N.V,. Leyn S.A., Zlamal Ja.E., Albu S., Nadler S.A., Subbotin S.A., Evtushenko L.I. Draft genome sequences of 13 plant-associated actinobacteria of the family Microbacteriaceae. Microbiology Resource Announcements - 2020. - Vol. 9, N 38. - e00795-20. - DOI: 10.1128/MRA.00795-20.

Tarlachkov S.V., Starodumova I.P., Dorofeeva L.V., Prisyazhnaya N.V., Leyn S.A., Zlamal J.E., Elane M.L., Osterman A.L., Nadler S.A., Subbotin S.A., Evtushenko L.I. Complete and draft genome sequences of 12 plant-associated Rathayibacter strains of known and putative new species. Microbiology Resource Announcements - 2020. - Vol. 9, N 22. - e00316-20.- DOI: 10.1128/MRA.00316-20.

Kim D., Shashkov A.S., Dmitrenok A.S., Potekhina N.V., Senchenkova S.N., Dorofeeva L.V., Evtushenko L.I., Tul'skayaa E.M. Novel galactofuranan and pyruvylated galactomannan in the cell wall of Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis VKM Ac-1403T. Carbohydrate Research. - 2021. - Vol. 500. - P. 108247. - DOI: 10.1016/j.carres.2021.108247.

Shashkov A.S., Potekhina N.V., Tul'skaya E.M., Dmitrenok A.S., Streshinskaya G.M., Senchenkova S.N., Dorofeeva L.V., Zaychikov V.A., Evtushenko L.I. D-Rhamnan and teichuronic acid from the cell wall of Rathayibacter cariscis VKM Ac-1799T. Carbohydrate Research - 2021. - Vol. 499. - P. 108233. - DOI: 10.1016/j.carres.2021.108233.

Sorokin D.Y, Khijniak T.V, Zaharycheva A.P, Elcheninov A.G, Hahnke R.L, Boueva O.V, Ariskina E.V, Bunk B, Kublanov I.V, Evtushenko L.I. Natronoglycomyces albus gen. nov., sp. nov, a haloalkaliphilic actinobacterium from a soda solonchak soil. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology - 2021. - Vol. 71, No.5. - P. 004804. - DOI: 10.1099/ijsem.0.004804.

Tarlachkov S.V., Starodumova I.P., Dorofeeva L.V., Prisyazhnaya N.V., Roubtsova T.V. Chizhov V.N., Nadler S.A., Subbotin S.A., Evtushenko L.I. Draft genome sequences of 28 actinobacteria of the family Microbacteriaceae associated with nematode-infected plants
Microbiology Resource Announcements - 2021. - Vol.10, No.9. - P. 01400-20. - DOI: 10.1128/MRA.01400-20.

Публикации
Сотрудниками сектора за последние 3 года опубликовано 32 работы, в их числе экспериментальные статьи, обзор и главы в ведущих российских и зарубежных изданиях (список публикаций см. на сайте ВКМ  www.vkm.ru).

Примеры проектов
Программа Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология»
Новые микроорганизмы explantae и их характеристика (особенности химического состава, метаболитов и морфологических структур), 2008-2012 (Программа Президиума РАН «Молекулярная и клеточная биология»).

ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007-2013 годы»
Проведение исследований с целью обеспечения гарантированного сохранения генетического разнообразия микроорганизмов с использованием научно-технической базы УСУ “Всероссийская коллекция микроорганизмов”, включающей азотное криогенное хранилище», 2011-2012, Госконтракт № 16.518.11.7035.  
Исследования и мероприятия, направленные на повышение качества фонда и услуг Всероссийской коллекции микроорганизмов (ВКМ) в интересах пользователей, 2007-2008,  Госконтракт № 02.518.11.7092.  
РФФИ
Семейство Nocardioidаceae: новые таксоны, новые диагностические характеристики, гармонизация таксономической структуры (2012-2014)
Эколого-таксономическое изучение актинобактерий из редких и исчезающих видов растений Московской области (РФФИ-р2004наукоград, 2004-2006)
Актиномицеты - возбудители парши картофеля: видовое разнообразие, классификация, идентификация (РФФИ-Бел2004, 2004-2006) 
Новые таксоны мицелиальных актиномицетов (2003-2005)
Актиномицеты микробных сообществ, ассоциированных с фитопатогенными галловыми нематодами (2000-2002).
Переносчики дыхательной цепи, природа пигментов и путь биосинтеза изопреноидных соединений как новые хемотаксономические маркеры родов и видов коринеформных актинобактерий (2002-2004, рук. Трутко С.М., ИБФМ РАН)
Структура анионных углеводсодержащих полимеров клеточных стенок как критерий границ видов рода Strерtотусеs (2001-2003, рук. Стрешинская Г.М., Биологический факультет МГУ им. М.В.Ломоносова)
ИНТАС
Первичная структура тейхоевых кислот и других анионных полимеров клеточных стенок как хемотаксономические маркеры видов актиномицетов (ИНТАС 01-2040, 2002-2005).

Тейхоевые кислоты клеточных стенок как хемотаксономические маркеры таксонов актиномицетов (ИНТАС 97-1571, 1998-2000).